Bâti par les Croisés au xlle siècle sur des fondations phéniciennes et romaines, la structure a été entourée de douves. Saladin captura la ville et le château en 1188 et démantela ses murs en 1190. Plus tard, les Croisés reprirent la ville et reconstruisirent le château en 1197.
Byblos est habitée de manière continue depuis plus de 7 000 ans, ce qui en fait l'une des plus anciennes villes du monde. Les traces les plus anciennes d’une occupation humaine sur le site sont celles d’un village de pêcheurs du Néolithique, établi probablement vers 5000 av. J.-C..
Dès le milieu du IIIe millénaire av. J.‑C., la cité-État de Byblos est colonisée par les Phéniciens et devient un centre religieux important. Le temple de Baalat Gebal était ainsi célèbre dans le monde antique. Les liens entretenus par la ville avec l’Égypte antique sont très étroits et sont à l’origine du rapide développement culturel et religieux de la cité. Byblos est aussi un port actif qui exporte le vin et les bois du Liban vers l'Égypte et importe du papyrus égyptien pour le revendre à travers toute la Méditerranée.